متن پیام رییس جمهوری به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
«إِنَّا لِلّهِ وَإِنَّا إِلَیْهِ رَاجِعونَ»

ضایعه درگذشت عالم مجاهد، اسوه اخلاق و تقوی حضرت آیت الله حاج شیخ محمد محمدی گیلانی موجب تاثر و تاسف عمیق گردید.
این شخصیت والامقام در طول عمر با برکت خود به تربیت صدها نفر از فضلای حوزه علمیه قم اهتمام ورزید. نقش موثر ایشان در رونق علمی حوزه، نهضت اسلامی و پس از پیروزی انقلاب در قوه قضائیه، حمایت بیدریغ در جهت تحقق آرمانهای امام راحل (ره) و تحکیم نظام جمهوری اسلامی ایران، مقابله با تهدیدات و حضور فعال و موثر در مجلس خبرگان رهبری و شورای نگهبان تنها بخشی از خدمات آن عالم بزرگوار می باشد.
اینجانب فقدان این شخصیت وارسته را به رهبر معظم انقلاب اسلامی، روحانیت معزز، حوزه های علمیه، شاگردان و علاقمندان و بویژه به خاندان بزرگ ایشان تسلیت گفته از خداوند علو درجات آن مرحوم را مسئلت می نمایم.
حسن روحانی
رئیس جمهور